Em complementação às atividades e rotinas da Colônia de Fundação está a área de Quarentena. Nela são alojadas matrizes de camundongos e ratos provenientes de outras instituições, de interesse para a pesquisa biomédica da UNICAMP.
Logo após a recepção da linhagem, amostras de animais são encaminhadas ao serviço de análise sanitária para serem avaliados. Quando necessário, casais são submetidos a técnicas de descontaminação, tais como a histerectomia asséptica realizada em unidade isoladora ou transferência de embriões. Uma vez comprovado o sucesso da rederivação e a consequente certificação da linhagem pelos Laboratórios de Controle de Qualidade Sanitária Animal e Controle Genético, as novas matrizes são transferidas para a Colônia de Fundação do CEMIB. Como medida de segurança, o espaço destinado à Quarentena está situado externamente e distante do prédio principal.
