O CEMIB foi projetado e edificado segundo normas internacionais para Centros de referência. A partir de um projeto arquitetônico elaborado com o apoio de consultores internacionais, o Centro apresenta uma edificação com módulos interconectados porém independentes; fluxos de pessoal e materiais distintos para as áreas comuns e áreas com animais e controle de acesso, elementos que asseguram manutenção e criação estabelecidas com segurança e protegidas por um eficiente sistema de barreiras sanitárias.
Contando com um parque de equipamentos diversificado, o Centro está equipado para manter animais com diferentes padrões sanitários, desde axênicos (livres de germes) a SPF (livres de agentes patogênicos específicos), bem como para realizar o monitoramento sanitário, genético e do ambiente, o que possibilita o fornecimento de animais com o mesmo padrão daqueles utilizados por grupos de pesquisa de todo o mundo. O CEMIB mantém desde linhagens tradicionais até animais com genomas complexos, tais como camundongos e ratos imunocompetentes e também transgênicos, mutantes, knock-in, knockout e congênicos, o que confere ao seu plantel uma grande diversidade. Muitas das linhagens fornecidas são únicas em nosso país, e este número deverá crescer ainda mais, viabilizando a realização de uma pesquisa universal e competitiva.
Um importante setor do CEMIB é a Divisão Tecnológica, que alberga as áreas de Matrizes e de Produção de Animais SPF.
A Divisão Tecnológica é formada pelas áreas de Quarentena e as Colônias de Fundação e Expansão de Matrizes, respectivamente designadas como Blocos A2, C2 e C1. A área de Produção é composta pelos Blocos B1, B2 e o Setor de Expedição de Animais SPF.
Os blocos das áreas técnicas são interligados e contam com serviços de apoio, administrativos, laboratórios de controle de qualidade sanitária animal, controle genético, criopreservação e reprodução assistida e modificação gênica. Cada bloco foi planejado para funcionar como uma unidade autônoma e independente e, para isso, é dotado de um gradiente de pressão positiva de ar filtrado e climatizado, evitando contaminações por aerossóis oriundas do ar externo. Paralelamente, além do sistema de barreiras com um gradiente de segurança que aumenta em rigor à medida em que se aproxima das áreas de criação, as áreas técnicas são dotadas de protocolos operacionais padronizados onde, além das duchas de acesso instaladas nos blocos nos quais as colônias são mantidas, os técnicos se paramentam com uniformes esterilizados de uso obrigatório no trato com os animais. Ainda como parte das barreiras contra a entrada de patógenos, foram instaladas autoclaves de fronteira anterior ao acesso às câmaras de criação. Estes equipamentos são empregados na esterilização das gaiolas e dos insumos. As salas de criação apresentam duas portas (entrada e saída), com monitoramento de abertura que assegura um fluxo unidirecional ao mesmo tempo em que impede a despressurizarão das salas de animais. As áreas também possuem pass-through para a passagem com segurança de produtos entre dois ambientes diferentes, impedindo a troca de ar e o risco de contaminação cruzada, e tanques de passagens para desinfecção química de materiais. As entradas contam com sistema de portas duplas (air-lock), com controle de acesso de pessoal.