As Colônias de Fundação são constituídas por matrizes de camundongos e ratos importadas, que são mantidas em unidades isoladoras, tipo Trexler de pressão positiva. Esta área comporta até 60 unidades isoladoras flexíveis, que alojam diferentes linhagens de camundongos e ratos SPF e uma linhagem de camundongo axênica.
A área conta com uma infraestrutura física planejada para a manutenção de animais axênicos (germ-free), que são modelos exigentes e complexos do ponto de vista operacional. Por esta razão, além dos processos e das rotinas especificamente dedicadas a estes modelos, as colônias germ-free mantêm uma conexão direta com os laboratórios de controle de qualidade sanitária animal e criopreservação e reprodução assistida. A participação destes laboratórios é indispensável para o sucesso na manutenção destes animais.
